Редактор zenon підтримує одночасну розробку кількох проектів. Зображення, змінні, і т. д. двох різних проектів можуть створюватися одночасно і бути в активному стані на екрані.
Також і режим Runtime може виконувати паралельно кілька проектів. У такий спосіб користувач має можливість легко логічно розподілити проекти, наприклад, по підповідності до технологічного обладнання.
zenon підтримує перехресну проектну розробку. Це означає, що один проект може звернутися до змінних та функцій іншого проекту.